一、综合部
承担文秘、财务、人事、党建、劳资、档案、后勤等综合协调工作；与业务主管单位及登记管理机关报批相关事项、落实社团管理要求等工作；负责与全省环保社会组织联络与沟通、环保社会组织联盟管理；负责会员（代表）大会、理事会、常务理事会的筹备和组织；负责与其他相关单位联络，开展国内外交流合作。
二、发展部
开展环保科研技术推广，为政府、企事业单位、社会组织等提供相关的环境政策、法律、法规和技术咨询服务；开展绿色企业评价，负责企业绿色发展同盟管理；负责会员联络、发展、管理及服务工作；开展环境公益诉讼、环境治理监督等环境维权实践；开展论坛、展览、沙龙等工作。
三、宣传培训部
开展环保公益项目策划实施、环保宣传教育活动、环保志愿服务、环保社情民意调查、政策项目实施效果评价等工作；开展企业环境管理及技术培训、政府部门委托的业务培训、环保社会组织能力建设培训等；负责江苏省环保联合会微信公众号运营管理、官网建设与运维工作。